Table 5 Name glossary for overlapping candidate sRNA genes

 

Name by

Argaman et al.

Name by

Rivas et al.

Name by

Chen et al.

Name by

Tjaden et al.

Name by

Carter et al.

Comments

 

tpe90

 

 

HB_290/HB_291

 

psrA1

tk7

IS004

 

 

 

 

 

IS008

 

HB_29

 

 

 

 

C0086

HB_33

 

 

tpe43

IS011

 

 

 

psrA2

 

IS012

 

 

 

 

 

 

C0120

HB_303/HB_304

 

 

 

IS018

 

HB_41

 

 

 

IS019

C0129

 

 

 

 

 

C0132

HB_46

 

 

 

 

C0142

HB_310

 

 

 

IS031

C0182

 

 

 

 

IS035

 

HB_66/HB_67

 

 

 

 

C0194

HB_68

 

 

 

 

C0197

HB_69

 

 

tpe1

 

C0230

 

 

 

 

IS043

C0258

 

 

 

 

 

C0267

HB_324

 

 

 

IS050

C0292

 

 

 

 

 

C0313

HB_82/HB_83

 

 

 

 

C0337

HB_353

 

 

 

 

C0352

HB_356

 

 

te3

IS070

 

 

Overlaps a 5’ UTR

 

 

IS077

C0386

 

 

 

te16

 

 

HB_363

Resides within an operon

 

pk2

 

C0421

 

 

 

 

 

C0424

HB_108

 

psrA6

 

 

C0430

 

 

psrA7

 

IS087

 

 

 

 

tp29

IS089

 

 

 

 

 

IS094

 

HB_115

 

 

 

 

C0487

HB_374

 

 

 

 

C0496

HB_376/HB_377/HB_378

 

 

tp11

IS105

 

HB_125

 

 

tpe60

 

 

HB_126/HB_127/HB_128

 

 

t49

 

 

HB_384

 

 

k3

 

C0510

 

Experimentally tested

 

 

 

C0513

HB_389/HB_390

 

 

p26

 

C0536

HB_135

 

 

k30

IS115

C0543

 

 

 

 

IS117

 

HB_409

 

 

 

IS125

C0593

HB_413

 

 

 

IS129

 

HB_418

 

 

 

 

C0634

HB_150

 

 

t55

IS133

 

 

 

 

t55

 

C0635

 

 

 

 

 

C0643

HB_151/HB_152

 

 

 

IS141

 

HB_433/HB_434/HB_435

 

 

t77

 

 

HB_443

 

 

 

 

C0687

HB_174

 

 

tpe85

 

C0696

HB_446/HB_447

 

 

 

IS149

 

HB_448

Overlaps a 5' UTR

 

 

IS154

 

HB_455

 

 

 

 

C0736

HB_459

 

 

 

 

C0738

HB_181

 

 

 

 

C0740

HB_463/HB_464/HB_465

 

 

 

IS162

C0747

 

 

 

k23

 

 

HB_466

 

 

tpke31

IS170

 

 

 

 

t21

 

C0807

 

Experimentally tested

psrA17

tpk9

 

 

 

 

 

tp48

IS173

 

 

Overlaps a 5' UTR

 

tp37

 

 

HB_478

 

 

 

IS175

C0832

 

 

 

 

 

C0835

HB_188/HB_189

 

 

tpe86

 

C0840

 

 

 

 

IS182

C0857

HB_483

 

 

 

 

C0861

HB_195

 

 

 

 

C0868

HB_486/HB_487

 

 

 

 

C0871

HB_198

 

 

tpke122

 

 

HB_495

Experimentally tested

 

 

 

C0877

HB_496

 

 

 

 

C0881

HB_497

 

 

 

 

C0900

HB_204

 

 

cc4_13

 

 

HB_512

 

 

 

IS193

 

HB_215

Overlaps a 5' UTR

 

p1

 

 

HB_521

Experimentally tested

 

 

 

C0945

HB_224

 

 

p29

 

C0950

HB_526

 

 

 

 

C0970

HB_528

 

 

 

 

C0973

HB_529

 

 

 

 

C0989

HB_536/HB_537

 

 

tp9

 

C1010

HB_543

 

 

tp9

 

 

HB_254

 

 

 

IS212

 

HB_257

 

 

t34

 

C1051

 

 

 

t34

 

 

HB_546

 

 

 

 

C1061

HB_548

 

 

 

 

C1066

HB_273/HB_274

 

 

 

 

C1067

HB_557/HB_558

 

 

tpke10

IS220

 

HB_276

Experimentally tested

 

 

IS224

C1078

 

 

 

 

 

C1088

HB_285/HB_286

 

 

t13

 

 

HB_561

 

 

tpe80

 

 

HB_562

 

 


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